· 管理辖区水上安全和防止船舶污染。审核和监督船舶所有人安全管理体系；调查、处理水上交通事故、船舶污染事故及水上交通违法案件。

· 负责中国籍船舶登记、船舶法定配备的操作性手册与文书审批、检查和进出港（境）签证；负责外国籍船舶出入境及在辖区港口、水域的监督管理；负责船舶载运危险货物及其他货物的安全监督。

· 按照授权，负责船员培训、考试发证、船员证件管理工作。

· 管理通航秩序、通航环境。负责航道、锚地和安全作业区等水域的监督管理，维护水上交通秩序；核定船舶靠泊安全条件；核准与通航安全有关的岸线使用和水上水下施工、作业；管理沉船沉物打捞和碍航物清除；发布航行通（警）告。

· 航海保障工作。负责辖区水上安全通信管理；负责厦门市海上搜救中心的日常工作。

· 按照授权，负责船舶、海上设施检验管理。

· 承办中华人民共和国海事局交办的其他工作。